小儿推拿保健师证书的管理归属主要涉及到国家卫生健康委员会及其下属的相关机构，在我国，职业资格证书的颁发和管理由人力资源和社会保障部负责，但涉及到医疗、保健类的职业资格，如小儿推拿保健师，其专业技能和服务内容更偏向于医疗卫生领域，因此在实际操作中，会与卫生健康部门进行合作和监管。

卫生健康委员会作为我国卫生工作的主管机关，对于包括小儿推拿在内的中医保健服务有着明确的行业规范和标准，他们负责制定和修订相关的专业教育、培训以及考核标准，确保小儿推拿保健师的专业素质和服务质量，通过颁发证书，对合格的专业人员进行官方认可，保护消费者权益，推动行业的健康发展。

人力资源和社会保障部门则主要负责职业资格证书的审批、发放和管理工作，确保证书的权威性和有效性，他们会对培训机构的教学质量、学员的学习成果进行评估，以决定是否授予证书。

小儿推拿保健师证书的管理是由这两个部门共同参与，旨在通过专业的培训和认证，提升从业人员的专业素养，保障公众的健康权益，推动小儿推拿保健事业的规范化、专业化发展。