中医康复理疗师证是中医药行业中的一种专业资格证书，主要用于评价和规范从事中医康复理疗工作的人员的专业技能和素质，在选择哪个部门的中医康复理疗师证时，需要考虑以下几个方面：

1、行业需求：要关注当前市场对中医康复理疗师的需求情况，随着人们对健康的重视程度不断提高，中医康复理疗在医疗领域的地位逐渐上升，对中医康复理疗师的需求也在不断增加，选择具有较大市场需求的部门，可以为自己的职业发展提供更多的就业机会。

2、政策支持：政府对中医药行业的扶持力度也是影响选择的重要因素，政府部门对中医药行业的扶持力度较大的地区，中医康复理疗师的发展空间也会更大，政府部门对中医药行业的管理和监管力度也会影响到中医康复理疗师的职业发展，在选择中医康复理疗师证的部门时，要考虑该部门的政策支持情况。

3、培训质量：中医康复理疗师证的培训质量直接影响到学员的专业技能和素质，在选择中医康复理疗师证的部门时，要了解该部门的培训课程设置、师资力量、教学设施等方面的情况，以确保自己能够接受到高质量的培训。

4、行业认可度：中医康复理疗师证的行业认可度也是选择的重要因素，具有较高行业认可度的中医康复理疗师证，其专业技能和素质更容易得到行业内其他人员的认可，在选择中医康复理疗师证的部门时，要考虑该部门的专业认可度。

5、个人兴趣和发展潜力：除了以上几个方面的影响因素外，还需要结合自己的兴趣和发展潜力来选择中医康复理疗师证的部门，只有选择了自己感兴趣并且有发展潜力的部门，才能在职业发展中保持持续的热情和动力。

选择哪个部门的中医康复理疗师证需要综合考虑行业需求、政策支持、培训质量、行业认可度以及个人兴趣和发展潜力等多个方面的因素，在实际操作中，可以参考国家卫生健康委员会、中医药管理部门等权威部门发布的相关政策和指导意见，以及咨询业内专家和从业人员的意见，以便做出更为明智的选择。