在东莞，家庭教育指导师证书的颁发主要由以下几个部门和机构进行：

1、东莞市教育局：作为市级教育行政部门，东莞市教育局负责对家庭教育指导师的培训、考核和证书颁发工作进行统一管理，市教育局会定期组织家庭教育指导师培训班，邀请专家进行授课，帮助学员掌握家庭教育的基本知识和技能，通过培训并达到要求的学员，可以申请参加家庭教育指导师的考核。

2、东莞市职业技能鉴定中心：作为市级职业技能鉴定机构，东莞市职业技能鉴定中心负责对家庭教育指导师的职业技能进行鉴定，考生需要在完成培训后，向市职业技能鉴定中心提出鉴定申请，经过严格的考试和评估，合格者将获得家庭教育指导师职业技能鉴定证书。

3、各区(县)教育局：各区(县)教育局也会组织家庭教育指导师培训班，但其颁发的证书属于地方性证书，这类证书在一定程度上也具有一定的权威性，但相较于市教育局颁发的证书，其认可度可能会稍低一些。

4、民办教育机构：部分民办教育机构也会开展家庭教育指导师培训课程，并颁发相应的证书，这些证书在一定程度上可以证明学员具备一定的家庭教育指导能力，但其权威性和认可度相对较低。

5、社会培训机构：除了政府部门和教育机构外，还有一些社会培训机构也提供家庭教育指导师的培训课程，这些机构颁发的证书可能在业界的认可度和权威性上有所差异，因此在选择培训机构时，建议考生充分了解培训机构的背景和资质，以确保所获得的证书具有较高的认可度。

在东莞想要获得家庭教育指导师证书，可以选择向市教育局、东莞市职业技能鉴定中心等政府部门或教育机构报名参加培训和考核，也可以选择一些有资质的社会培训机构进行学习，在选择培训机构时，考生应充分了解培训机构的背景和资质，以确保所获得的证书具有较高的认可度。