家庭教育指导师证书是由多个机构发放的，包括但不限于以下几个方面：

1、教育部认证的高等学校：一些教育部认证的高等学校会开设家庭教育相关的课程或专业，这些学校的学生在完成相关课程后可以获得家庭教育指导师证书，北京师范大学、华东师范大学等高校都有这样的课程。

2、民政部门认证的培训机构：民政部门认证的培训机构也会开设家庭教育相关的课程或培训班，这些机构的学员在完成相关课程或培训后可以获得家庭教育指导师证书，中国社会福利基金会、中国儿童少年基金会等机构都有这样的课程或培训班。

3、专业协会或组织：一些专业的家政服务协会或组织也会颁发家庭教育指导师证书，这些协会或组织的成员需要通过一定的考试和实践经验才能获得该证书，中国家庭服务业协会、中国妇女发展基金会等机构都有这样的证书。

4、其他机构：除了以上几个方面的机构外，还有一些其他的机构也会颁发家庭教育指导师证书，例如一些社区服务中心、儿童活动中心、青少年宫等，这些机构通常会根据自己的特点和需求来制定相应的考核标准和课程内容。

家庭教育指导师证书的发放机构比较多，而且不同的机构可能会有不同的考核标准和课程内容，在选择培训机构时，建议先了解一下该机构的背景和资质，以确保所获得的证书具有权威性和可信度，也要注意不要轻信一些不良商家的销售宣传，以免上当受骗。