家庭教育指导师证书是由多个机构颁发的，包括但不限于以下几种：

1、中国家庭教育指导师协会：中国家庭教育指导师协会是一个专门从事家庭教育指导工作的非营利性社会组织，成立于2005年，该协会致力于推动家庭教育指导事业的发展，提高家庭教育指导师的专业水平和素质，为广大家庭提供优质的家庭教育服务，该协会颁发的家庭教育指导师证书具有较高的权威性和认可度。

2、各省市家庭教育指导中心：各省市家庭教育指导中心是由当地政府或相关部门设立的专门从事家庭教育指导工作的机构，这些中心通常会组织各类培训班、研讨会等活动，帮助家庭教育指导师提高专业技能和知识水平，在完成相关培训和考试后，学员可以获得由各省市家庭教育指导中心颁发的家庭教育指导师证书。

3、高校家庭教育学院：一些高校的家庭教育学院也会开设家庭教育指导师专业课程，培养具备专业素养的家庭教育指导师，在完成学业并通过相关考试后，学生可以获得由高校颁发的家庭教育指导师证书，这些证书在社会上的认可度较高，有助于毕业生找到满意的工作。

4、企事业单位：一些企事业单位也会开展家庭教育培训项目，邀请家庭教育专家进行授课，学员在完成培训后，可以获得由企事业单位颁发的家庭教育指导师证书，这种证书在一定程度上反映了学员的实际工作能力和经验。

5、其他专业机构：除了上述几个主要的颁发机构外，还有一些其他专业机构也会颁发家庭教育指导师证书，一些专门从事职业技能培训的机构、行业协会等，这些机构颁发的证书在实际应用中可能会受到一定的限制，但对于个人职业发展也有一定的帮助。

家庭教育指导师证书的颁发机构有很多种，包括政府部门、社会团体、高校、企事业单位等，在选择培训机构和颁发机构时，建议考生充分了解各个机构的背景、资质、教学质量等方面的信息，以便做出明智的选择，考生还需关注国家和行业对家庭教育指导师的职业要求和标准，确保所获得的证书能够满足实际工作需求。