心理咨询师证书是由国家人力资源和社会保障部颁发的，该部门负责全国职业资格证书的管理和监督，根据《中华人民共和国劳动法》和《职业技能鉴定条例》，职业技能鉴定分为职业资格认证和职业技能等级认定两种方式，职业资格认证是指对劳动者所从事的某一职业所需的知识、技能和素质进行评价，以证明其具备从事该职业的基本能力；职业技能等级认定是指对劳动者所从事的某一职业的技能水平进行评价，以确定其在同类职业中的技术等级。

心理咨询师是属于专业技术人员类别的一种职业，因此其证书颁发由国家人力资源和社会保障部负责，具体来说，心理咨询师证书的颁发程序包括以下几个步骤：申请人需要参加由国家人力资源和社会保障部认可的心理咨询师培训课程并通过考核；申请人需提交相关材料并缴纳考试费用；由国家人力资源和社会保障部组织专家对考生的理论知识和实践能力进行评审，并根据评审结果决定是否颁发心理咨询师证书。

需要注意的是，不同的地区和机构可能会有不同的心理咨询师证书颁发标准和程序，在选择参加心理咨询师培训课程时，建议选择正规、权威的培训机构，并仔细了解该机构的证书颁发情况和资质要求，获得心理咨询师证书只是成为一名合格心理咨询师的第一步，后续还需要不断学习和实践，提高自己的专业水平和服务能力。